Consolidación del mapa genético integrado del lenguado senegalés (solea senegalensis)estudios evolutivos y de sintenia

  1. García Angulo, Aglaya
Supervised by:
  1. Manuel Alejandro Merlo Torres Director
  2. Laureana Rebordinos González Director

Defence university: Universidad de Cádiz

Fecha de defensa: 26 January 2021

Committee:
  1. Roberto de la Herrán Moreno Chair
  2. Ismael Cross Pacheco Secretary
  3. Helena D'cotta Carreras Committee member
Department:
  1. Biomedicina, Biotecnología y Salud Pública

Type: Thesis

Teseo: 648035 DIALNET

Abstract

Solea senegalensis (Kaup 1858) es un pez plano perteneciente al orden de los Pleuronectiformes y constituye una de las principales especies cultivadas en acuicultura, siendo especialmente relevante su cultivo en el sur de Europa. El cultivo del lenguado senegalés comenzó en la década de los 80 pero a día de hoy sigue presentando una serie de limitaciones relacionadas con el proceso de metamorfosis, la respuesta inmunitaria y la reproducción. El orden de los Pleuronectiformes está considerado como un grupo taxonómico complejo que ha evolucionado por eventos de fusiones Robertsonianas, entre otras. En esta Tesis Doctoral se analizaron 14 clones BAC que contienen genes candidatos involucrados en el sistema inmunitario (b2m, tap1, il10, tnfα, tlr3, tlr8, trim25, lysg, irf5, hmgb2, calr, trim16 y mx), 11 clones BAC que contienen genes candidatos implicados en el proceso de metamorfosis (dio3, foxe4, mel1c, tshβ, trhr1, trhr2, trhr3, thrαa, thrαb, casq1b, thrβ) y 13 clones BAC localizados en el cromosoma metacéntrico 1. Además, para confirmar la hipótesis sobre el origen del cromosoma metacéntrico 1 se aplicó por primera vez la técnica Zoo-FISH entre diferentes especies de la familia Soleidae utilizando como sonda dicho cromosoma. Los resultados de los análisis de Hibridación in situ de Fluorescencia múltiple (mFISH) mostraron que los grupos de genes il10 – mx - trim16; tnfα - tap1; tlr3 - lysg; b2m - irf5- trim25 - hmgb2 – thrβ colocalizaron en los mismos cromosomas y que los clones BAC trhr1a, trhr2, thrβ y tlr8 mostraron señales dobles. Los análisis de micro y macro sintenia y los análisis filogenéticos mostraron que Cynoglossus semilaevis es la especie más cercana a S. senegalensis seguida de Scophthalmus maximus siendo Danio rerio la especie más distante. La mayor parte de los genes candidatos se encuentran en entornos genómicos conservados, destacando los clones BAC tshb e il10 que se encontraron altamente conservados, encontrándose todos los genes pertenecientes a éstos clones BAC en un solo cromosoma en todas las especies. Los resultados de los análisis de Zoo-FISH revelaron que el cromosoma metacéntrico 1 de S. senegalensis, microdiseccionado y marcado para ser utilizado como sonda, hibridó en cuatro cromosomas acrocéntricos de las especies de Soleidos Dicologlossa cuneata y Dagetichthys lusitanica confirmando así la fusión Robertsoniana de dos parejas para formar el metacéntrico. Por ello, los resultados obtenidos en esta Tesis Doctoral contribuyen a obtener un mayor conocimiento sobre la estructura, función y evolución de genes implicados en el proceso de metamorfosis y el sistema inmunitario del genoma de S. senegalensis de aplicación en aspectos claves de su cultivo. Además, contribuyen a dilucidar el origen del cromosoma metacéntrico 1 y con ello aportar nuevos datos sobre la evolución del cariotipo de los Pleuronectiformes.