Generalización de dos métodos de detección de conglomerados. Aplicaciones en bioinformática.
- Rodríguez Corvea, Laureano 1
- Casas Cardoso, Gladys M. 2
- Grau Abalo, Ricardo 2
- Pupo Meriño, Mario 2
- 1 Facultad de Ciencias Médicas de Sancti Spíritus, Departamento de Informática
- 2 Universidad Central "Marta Abreu” de las Villas, Facultad de Matemática Física y Computación, Grupo de Bioinformática
ISSN: 2215-3373, 2215-3373
Année de publication: 2008
Volumen: 15
Número: 1
Pages: 27-40
Type: Article
D'autres publications dans: Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones
Résumé
This paper presents a modification to the temporal disease clusters methods inorder to apply them to other sciences. Particular specifications are shown in Scanand temporal Grimson techniques. The original data are transformed in a binary sequence:the value “one” represents the interest category and value “zero” correspondsto all other cases. Computational transformations of the algorithms are implementedusing Mathematica Package. Besides some interesting bioinformatics applications arepresented.Keywords: Temporal disease clusters, Scan method, Grimson method, Bioinformaticsapplications.
Références bibliographiques
- Alakurtti, K.; Weber, E.; Rinne, R.; Theil, G.; Lindhout, D.; Salmikangas, P.; Saukko, P.; Lahtinen, U. (2005) “Loss of lysosomal association of cystatin B proteins representing progressive myoclonus epilepsy, EPM1, mutations”, Hum Genet 13: 208–215.
- Altschul, S.F. (1996) “Local alignment statistics”, Meth. Enzymol 274: 460–480.
- Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, L. J. (1997) “Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs”, Nucl. Acids Res. 25: 3389–3402.
- Bailey, N. T. J. (1975). The mathematical theory of infectious diseases and its applications. Charles Griffin & Company LTD, Second Edition.
- Casas, G; Grau, R. (2001) “Validación de dos métodos de detección de conglomerados temporales usando un modelo de epidemia simple”, Investigación Ooperacional 6(2): 175–187.
- Casas, G. (2003) Técnicas de Detección de Conglomerados Incluyendo Factores Adicionales. Tesis de Doctorado, Universidad Central de Las Villas, Cuba.
- Casas, G.; Grau, R.; Cardoso, G. (2004) “Introducción de factores de riesgo en los métodos de Knox y Grimson para el estudio de conglomerados espaciotemporales”, Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones 11(1): 69–80.
- Gentle, J.E.; Hardle, W.; Mori, Y. (2004) Handbook of Computacional Statistics. Springer, Heidelberg.
- Grimson, R. (1993) “Disease clusters, exact distributions of maxima and p-values”, Statistics in Medicine 12: 1773–1794.
- Grimson, R.; Rose, R. (1991) “A versatile test for clustering and a proximity analysis of neurons”, Meth. Inform. in Med. 30: 299–303.
- Grimson, R. (1994) “Disease cluster test based on the maximum occupancy frequency”, Proceedings of the section on Epidemiology, American Statistical Association: 64–69.
- Jacquez, G.; Waller, L. (1964) “Disease cluster statistics for imprecise space-time locations”, Statistics in Medicine 15: 873–85.
- Jacquez, G. (1996) “The analysis of disease clusters, part I: state of the art” , Infection Control and Hospital Epidemiology 17(5): 319–327.
- Jacquez, G. (1996) “The analysis of disease clusters, part II: introduction to techniques”, Infection Control and Hospital Epidemiology 17(6): 385–397.
- Jain, A.K.; Murty, M.N.; Flynn, P.J. (1999) “Data clustering: a review”, ACM Computing Surveys 31(3): 264–323.
- Knox, E. (1964) “The detection of spece-time interactions” , Appl. Statist. 13: 25–29.
- Langrand, C. (2005) “Scan Statistics: definición y ejemplos”, Seminario ANY 2005. Universidad Politécnica de Cataluya. España.
- Nagarwilla, N. (1996) “A Scan statistic with a variable window”, Stat. in Med. 15: 845–850.
- Nauss, J. I. (1982) “Approximations for distributions of Scan statistics”, Journal of the American Statistical Association 77: 177–183.
- Robinson, D. O.; Hammans, S. R. (2005) “Oculopharyngeal muscular dystrophy (OPMD): analysis of the PABPN1 gene expansion sequence in 86 patients reveals 13 different expansion types and further evidence for unequal recombination as the mutational mechanism”, Hum Genet 116(4): 267–271.
- Rodríguez, L.; Casas, G.; Grau, R.; Pupo, M. (2006) “Scan Statistics. Bioinformatics Applications”, First International WorkShop on Bioinformatics Cuba-Flanders’2006, Universidad Central de Las Villas, Santa Clara, Febrero.
- Rodríguez, L.; Casas, G.; Grau, R. (2006) “Aplicación de los métodos Scan en Bioinformática” Uciencia 2006. II Conferencia Científica, UCI, La Habana, Julio.
- Volfovsky, N., Haas, B.J. (2001) “A clustering method for repeat analysis in DNA sequences”, Genome Biology 2(8)